全長16S / 18S二代測序
?產(chǎn)品介紹
基于二代測序技術(shù)手段，進(jìn)行基因組組裝和基本分析，獲得高質(zhì)量基因組序列。為該物種的后基因組學(xué)研究奠定基礎(chǔ)。
簡單基因組：
CONTIG N50≥200KB，復(fù)雜基因組（小于2G）：contig N50≥100Kb。
簡單基因組6個月，復(fù)雜基因組視根據(jù)具體情況而定。
?分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)信息分析
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?①下機(jī)數(shù)據(jù)過濾；
②基因組組裝；
③全基因組精細(xì)注釋：編碼基因預(yù)測；重復(fù)序列注釋和轉(zhuǎn)座元件分類；Non-coding RNA注釋；假基因注釋；
④基因功能注釋：Nr庫注釋；KEGG代謝通路注釋；
COG注釋（Gene Ontology）；TrEMBL注釋；調(diào)控Motif預(yù)測。
?高級信息分析
①基因家族聚類，特有、共有基因和基因家族統(tǒng)計；
②基因家族擴(kuò)張收縮分析；
③系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建；
④物種分化時間推算（需要化石標(biāo)定）；
⑤LTR形成時間估算；
⑥全基因組復(fù)制事件（一般為植物基因組的分析項(xiàng)）；
⑦選擇壓力分析。
全長16S / 18S三代測序
?產(chǎn)品介紹
在已知基因組的大小難度，或者有調(diào)研圖結(jié)果的情況下，基于三代測序PacBio技術(shù)手段，進(jìn)行基因組組裝和基本分析，獲得高質(zhì)量基因組序列。為該物種的后基因組學(xué)研究奠定基礎(chǔ)。
簡單基因組：CONTIG N50≥2MB，復(fù)雜基因組：contig N50≥1Mb
一步到位檢測環(huán)境微生物多樣性
16S/18S 等全長擴(kuò)增子測序即通過提取環(huán)境樣品的 DNA，選擇合適的通用引物擴(kuò)增 16S/18S 的全長區(qū)域。
全長16S測序：細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)多樣性。
全長18S測序：真核微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性。
?分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)信息分析
①下機(jī)數(shù)據(jù)過濾；
②基因組組裝；
③全基因組精細(xì)注釋：編碼基因預(yù)測；重復(fù)序列注釋和轉(zhuǎn)座元件分類；Non-coding RNA注釋；假基因注釋；
④基因功能注釋：Nr庫注釋；KEGG代謝通路注釋；COG注釋（Gene Ontology）；TrEMBL注釋；調(diào)控Motif預(yù)測；
高級信息分析
①基因家族聚類，特有、共有基因和基因家族統(tǒng)計；
②基因家族擴(kuò)張收縮分析；
③系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建；
④物種分化時間推算（需要化石標(biāo)定）；
⑤LTR形成時間估算；
⑥全基因組復(fù)制事件（一般為植物基因組的分析項(xiàng)）；
⑦選擇壓力分析。
?服務(wù)流程
?產(chǎn)品優(yōu)勢
長度長，周期短，性價比高
采用 PacBio 平臺，長度長，一次可分析多個高變區(qū)信息，不僅能提高物種鑒定的分辨率，還能提高物種鑒定的精確度。更加真實(shí)的還原樣本中微生物的群落結(jié)構(gòu)。
公司還擁有二代測序儀，三代測序儀（RS II 和sequel），光學(xué)圖譜Irys，Hi-C組裝技術(shù)等。
擁有自主研發(fā)的領(lǐng)先的基因組測序和分析技術(shù)。
?信息分析
基于測序得到的序列，進(jìn)行 OUT 聚類和物種注釋分析，獲得物種的豐度分布。全面分析樣本內(nèi)物種的豐富度及組間的差異。
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 解決問題 |
物種注釋 | 物種注釋及各物種豐度信息 |
α-多樣性分析 | 微生物群落的豐富度和多樣性 |
β-多樣性分析 | 不同樣本間的微生物群落 |
多元統(tǒng)計分析 | 尋找組間具有顯著差異的物種，同時可以比較組內(nèi)差異和組間差異的大小，判斷分組是否有意義 |
CCA分析 | 研究物種組成與環(huán)境因子間的關(guān)系 |
環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析 | |
VPA分析 |
宏基因測序
宏基因組學(xué)（Metagenomics），又稱元基因組學(xué)，是以特定生境中的整個微生物群落作為研究對象，無需分離培養(yǎng)，直接提取環(huán)境樣本DNA進(jìn)行測序，研究環(huán)境微生物的群落結(jié)構(gòu)、物種分類、系統(tǒng)進(jìn)化、基因功能及代謝網(wǎng)絡(luò)等，已廣泛應(yīng)用于微生物領(lǐng)域。
?適用范圍
1. 環(huán)境領(lǐng)域：霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環(huán)境等；
2. 生物能源：特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的開發(fā)；
3. 醫(yī)學(xué)領(lǐng)域：代謝病、腫瘤癌癥等；
4. 農(nóng)業(yè)領(lǐng)域：根際微生物與植物互作、農(nóng)業(yè)耕作/施肥處理與土壤微生物群落等；
5. 畜牧領(lǐng)域：腸道、瘤胃（如產(chǎn)甲烷菌類群）與動物健康/營養(yǎng)消化研究等；
6. 特殊極端環(huán)境：極端環(huán)境條件下的微生物類群研究。
?實(shí)驗(yàn)流程?
?樣品要求：
?
送樣要求 | 環(huán)境樣本：土壤：3g；糞便：200mg ；污泥/沉積物：3 g；血液：2 mL；液體：25mL。 |
平臺選擇 | Illumina PE100/125/150 |
推薦測序量 | 腸道/糞便 >6G；水體6-8G；土壤/污泥 > 8G |
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?生信分析：
